GB te kort voor analyses - programma vanop externe harde schijf?

[Dorien18]

Hallo,

Ik beschik over een laptop met 38GB vrije ruimte op C: schijf. Verder heb ik ook nog een D: data schijf van 50GB + externe harde schijf van 1TB.

Ik wil een programma gebruiken - geen kant en klare software, maar een programma dat ik laat runnen vanuit een command line. Als ik dit programma uitvoer krijg ik echter de melding dat er onvoldoende vrije ruimte is om de resultaten op te slaan.

Daarom vroeg ik me het volgende af: Aangezien ik een externe harde schijf heb van 1TB, is het dan mogelijk om dit programma hierop te installeren & via de command line aan te geven dat ik vanop mijn externe harde schijf wil werken?

Bijkomend probleem: dit programmaatje heeft JAVA nodig. Is het dan noodzakelijk om ook Java op de externe harde schijf te installeren of zal dit ook werken indien het gewoon op m'n C schijf is geïnstalleerd?

[kweezie wabbit]

Ik wil een programma gebruiken - geen kant en klare software, maar een programma dat ik laat runnen vanuit een command line. Als ik dit programma uitvoer krijg ik echter de melding dat er onvoldoende vrije ruimte is om de resultaten op te slaan.

Welk programma bedoel je? Is het een zelf geschreven programmatje?

[Dorien18]

Niet zelf geschreven, maar een programmaatje om DNA-sequenties te analyseren.

[kweezie wabbit]

En dat heeft geen grafische interface waar je instellingen kan zetten zoals de output lokatie?

[Dorien18]

Nee, het heet: run_pipeline.bat

Dus een windows Batch bestand dat ik via CLI uitvoer.

[kweezie wabbit]

Ken je iets van batch bestanden?

Je kan een .bat bestand bewerken met kladblok.

Kijk eens in het bestand of en misschien een verwijzing in staat naar een lokatie om de resultaten op te slaan en pas die eventueel aan.

Als je het zelf niet aan durft, mag je het bat bestandje als bijlage toevoegen, dan kijk ik wel naar.

[Dorien18]

Ik had al gemerkt dat je dit kan bewerken:

dit is wat er instaat:

@echo off

set TOP=.

set LIB_JARS=%TOP%\lib

set CP=

set CP=.\sTASSEL.jar

for %%i in (%LIB_JARS%\*.jar) do call ".\cp.bat" %%i

echo %CP%

java -classpath "%CP%" -Xms512m -Xmx1536m net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline %*

[kweezie wabbit]

Doe eens het volgende.

Wijzig echo off in echo on en sla het bat bestandje op.

Om op te starten gebruik je de volgende instructie.

run_pipeline.bat > c:\pipeline.log

Na de uitvoering kan je het bestandje c:\pipeline.log uitvlooien om te zien of er daar ergens een verwijzing wordt gemaakt naar een outputbestand.

[Dorien18]

Foutmelding in CLI: Toegang geweigerd

---------- Post toegevoegd om 15:47 ---------- Vorige post was om 15:45 ----------

Ok, toch gelukt. Dit was de inhoud van pipeline.log

C:\>set TOP=.

C:\>set LIB_JARS=.\lib

C:\>set CP=

C:\>set CP=.\sTASSEL.jar

C:\>for %i in (.\lib\*.jar) do call ".\cp.bat" %i

C:\>echo .\sTASSEL.jar

.\sTASSEL.jar

C:\>java -classpath ".\sTASSEL.jar" -Xms512m -Xmx1536m net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline

[kweezie wabbit]

Dan moet je eens kijken in het bestand cp.bat of daar een een lokatie voor de output wordt opgegeven.